DL POLY Classic

DL_POLY Classic: пакет ОТ, разработанный на базе пакета классической молекулярной динамики, разработанного ранее в Лаборатории Дэсбери коллективом Смита, Форестера и Тодорова (Daresbury Laboratory; W. Smith; T.R. Forester; I.T. Todorov).

Авторы позиционируют пакет, как и его пакет-предшественник, как инструмент расчёта в областях физики, химии, биохимии. Характеризуется как гибкий в использовании и быстрый. Возможно моделирование крупных систем. Инструменты анализа отсутствуют. Загодя заданные модели силовых полей отсутствуют. Включает потенциалы для многих биологических и небиологических материалов.

Параллельные версии были выделены разработкой в собственные пакеты, DL_POLY_2 (Смит и Форестер; параллелизация с репликацией данных; справляется с моделями размером 30 тыс. атомов на 100 процессорах) и DL_POLY_3 (с декомпозицией данных; справляется с моделями размером 1 млн. атомов на 1024 процессорах). В дальнейшем DL_POLY_2 (версия 20) был переименован в DL_POLY Classic и распространяется под лицензией ОТ. Вместо DL_POLY_3 по закрытой лицензии распространяется DL_POLY_4, имеющий расширенные возможности.

Язык программирования Фортран 90. Для компиляции кода параллельных расчётов требуется библиотека MPI. Файлы данных текстовые; DL_POLY_4 имеет возможность работы с netCDF, а также вариант, использующий среды CUDA и OpenMP. Существует дополнительный (закрытый) инструментальный пакет DL_FIELD, преобразующий внешние форматы файлов молекулярных моделей (PDB, силовые поля CHARMM, модели воды и под.).

Сведения по состоянию на 2-й квартал 2012 года.

— Ю.Т.

Источники

• Сайт проекта: [1].