NAMD-Lite
Материал из ЭНЭ
(перенаправлено с «MDX»)
NAMD-Lite (ранее MDX): программная библиотека ОТ для моделирования молекулярной динамики биомолекул. Ранее пакет считался входящим в состав метапакета MDtools. В настоящее время служит для прототипической разработки расчётных методов в составе пакета NAMD, что и отражено в смене названия.
Включает методики: модель силового поля по типу AMBER, ограничения ансамблей (NVE, NVT, NPT, anisotropic NPT), эвальдовская сумма, расчёт свободной энергии. Язык программирования Си. Есть возможность параллелизации расчёта (MPI).
Сведения по состоянию на 2-й квартал 2012 года.
— Ю.Т.
Источники
- Сайт проекта: [1].
