NAMD

NAMD: пакет ОТ для моделирования молекулярной динамики крупных биомолекулярных систем с высокой производительностью.

Формат данных собственный (VMD), а также возможна работа с форматами AMBER, CHARMM, GRODMACS, X-PLOR. Реализованы высокопроизводительные вычисления на крупных системах. Существует возможность параллелизации расчёта с декомпозицией данных (MPI). Пакет способен моделировать систему 300 тыс. атомов на 1000 процессоров (2010).

Сведения по состоянию на 2-й квартал 2012 года.