HOOMD
HOOMD-blue (Highly Optimized Object-oriented Many-particle Dynamics): пакет ОТ для моделирования динамики частиц в преимущественно небиологических материалах (атомные системы, полимеры). Пакет является прямым развитием пакета HOOMD и разрабатывается в Университете штата Мичиган; пакет HOOMD разработан некогда в Лаборатории Эймс (Ames Lab) и Университете штата Айова.
В числе включённых методик: парные потенциалы (CGCMM, гауссов, Леннарда-Джонса, Морзе, Юкавы и др.), потенциалы связей (FENE, гармонический), угловые потенциалы (гармонический, CGCMM), дигедральные/неправильные потенциалы; интеграторы (броуновской динамики (NVT), NPT, NVE, NVT); минимизация энергии (FIRE).
Языки программирования Си++ и Питон. Форматы данных XML, MOL2, DCD, PDB. Пакет оптимизирован по скорости и рассчитан на возможное использование среды CUDA, т. е., на параллелизацию расчёта.
— Ю.Т.
