RedMD

RedMD: пакет ОТ для т.наз. крупнозернистого моделирования молекулярной динамики и анализа нормальных режимов протеинах и нуклеиновых кислотах.

Методики включают: микроканонический ансамбль (термостаты Берендсена и Ланжевена, броуновская динамика), модели силовых полей, основанные на упругих моделях с одним шаром.

Форматы файлов данных PDB и PDB XML. Языки программирования Си и Си++. Возможна параллелизация расчётов (OpenMP, MPI).