MMTK

MMTK (Molecular Modelling Toolkit): программная библиотека ОТ для моделирования молекулярной динамики.

Функциональность включает: построение молекулярных систем с особо развитой поддержкой для протеинов и нуклеиновых кислот; системы периодических или бесконечных граничных условий (орторомбические элементарные ячейки); преобразования координат; укладки твёрдого тела; визуализацию с помощью внешних просмотрщиков PDB и VRML; показ динамических траекторий и нормальных режимов; силовое поле AMBER 94; деформационное силовое поле для быстрых вычислений нормального режима на протеинах; минимизация энергии; молекулярная динамика и др.

Основные предполагаемые сценарии использования библиотеки: написание программ на языке Питон использующих возможности библиотеки; написание программ-модулей, тесно взаимодействующих с библиотекой (например, в интересах расширения её функциональности).

Язык построения библиотеки Питон с частичным использованием Си в критичных по времени исполнения модулях.

Сведения по состоянию на 2-й квартал 2012 года.

— Ю.Т.

Источники

• Сайт проекта: [1].